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基于三代测序的细菌基因组完成图

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不依赖于现有的序列信息,针对某个细菌菌种基因组进行测序进而获得序列信息
产品详情

一、项目介绍

细菌基因组完成图:不依赖于现有的序列信息,针对某个细菌菌种基因组进行测序进而获得序列信息,依靠生物信息学分析手段,对序列进行拼接和组装,从而获得该细菌菌种的基因组序列(即从头测序,de novo测序)。基于生物信息学技术手段下获得的细菌基因组完成图序列开展基因功能注释、比较基因组学以及泛基因组等研究。

基于三代测序的细菌基因组完成图:基于单纯的三代测序策略对某个细菌菌种进行高通量测序,并对获得的三代测序序列进行基因组de novo组装,从而获得该细菌菌种的完整基因组序列。依靠三代测序的长序列拼接优势使得基因组不包含模糊碱基和序列空缺(即:0 N,0 Gap),进而形成高质量完成图,且包含所有质粒序列。同时,可基于细菌基因组完成图,开展基因功能注释、比较基因组学以及泛基因组等研究。

二、项目策略

项    目

测序策略

细菌基因组完成图

Illumina PE150 (2 Gb) +

三代测序 (30 ×~100 ×)

基于三代测序的细菌基因组完成图

三代测序 (100 ×)

三、项目技术流程

1)基因组完成图技术流程

2)基于三代测序的细菌基因组完成图

数据分析

四、主要结果展示

细菌基因组圈图

前噬菌体区域基因线性图谱

CARD药物分类统计

CARD作用机制统计

KEGG注释通路图

多基因组ANI分析

五、送样要求

细菌基因组完成图

菌体沉淀物

DNA溶液

菌体液体培养至对数期:OD600为0.6~0.8,收集菌体培养液3~5mL,4℃离心于1.5或2mL离心管中,弃上清,保留沉淀于管底部菌体(菌体沉淀量为0.5~1g或菌体沉淀体积为0.5~1mL)。

可提供2~3份备份。

浓度 ≥ 20 ng/μL;总量 ≥ 3 μg

OD260/280:1.8-2.0;

OD260/230:1.6-2.2;

DNA片段长度>20kb

注意事项:

  1. 单一菌种培养沉淀物送样;

  2. 收集菌体应为对数生长期中期或中前期为佳;

  3. 只接收菌体沉淀物或菌种DNA溶液,不接收涂布平板或菌液;

  4. 不接受致病菌种,请提供无传染性或致病性的DNA溶液;

  5. 不同菌种DNA得率有高有低,请提供足量菌体。

运输方式:

菌体沉淀物:将含有菌体沉淀物的离心管封口,立即液氮速冻,-80℃保存,干冰送至实验室。

DNA溶液:-20℃保存,干冰(长途运输,正常快递运输)或冰袋(短途运输,限当日达、半日达、闪送)。

备注:

若有疑问,可与我司技术人员联系。


基于三代测序的细菌基因组完成图
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不依赖于现有的序列信息,针对某个细菌菌种基因组进行测序进而获得序列信息
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一、项目介绍

细菌基因组完成图:不依赖于现有的序列信息,针对某个细菌菌种基因组进行测序进而获得序列信息,依靠生物信息学分析手段,对序列进行拼接和组装,从而获得该细菌菌种的基因组序列(即从头测序,de novo测序)。基于生物信息学技术手段下获得的细菌基因组完成图序列开展基因功能注释、比较基因组学以及泛基因组等研究。

基于三代测序的细菌基因组完成图:基于单纯的三代测序策略对某个细菌菌种进行高通量测序,并对获得的三代测序序列进行基因组de novo组装,从而获得该细菌菌种的完整基因组序列。依靠三代测序的长序列拼接优势使得基因组不包含模糊碱基和序列空缺(即:0 N,0 Gap),进而形成高质量完成图,且包含所有质粒序列。同时,可基于细菌基因组完成图,开展基因功能注释、比较基因组学以及泛基因组等研究。

二、项目策略

项    目

测序策略

细菌基因组完成图

Illumina PE150 (2 Gb) +

三代测序 (30 ×~100 ×)

基于三代测序的细菌基因组完成图

三代测序 (100 ×)

三、项目技术流程

1)基因组完成图技术流程

2)基于三代测序的细菌基因组完成图

数据分析

四、主要结果展示

细菌基因组圈图

前噬菌体区域基因线性图谱

CARD药物分类统计

CARD作用机制统计

KEGG注释通路图

多基因组ANI分析

五、送样要求

细菌基因组完成图

菌体沉淀物

DNA溶液

菌体液体培养至对数期:OD600为0.6~0.8,收集菌体培养液3~5mL,4℃离心于1.5或2mL离心管中,弃上清,保留沉淀于管底部菌体(菌体沉淀量为0.5~1g或菌体沉淀体积为0.5~1mL)。

可提供2~3份备份。

浓度 ≥ 20 ng/μL;总量 ≥ 3 μg

OD260/280:1.8-2.0;

OD260/230:1.6-2.2;

DNA片段长度>20kb

注意事项:

  1. 单一菌种培养沉淀物送样;

  2. 收集菌体应为对数生长期中期或中前期为佳;

  3. 只接收菌体沉淀物或菌种DNA溶液,不接收涂布平板或菌液;

  4. 不接受致病菌种,请提供无传染性或致病性的DNA溶液;

  5. 不同菌种DNA得率有高有低,请提供足量菌体。

运输方式:

菌体沉淀物:将含有菌体沉淀物的离心管封口,立即液氮速冻,-80℃保存,干冰送至实验室。

DNA溶液:-20℃保存,干冰(长途运输,正常快递运输)或冰袋(短途运输,限当日达、半日达、闪送)。

备注:

若有疑问,可与我司技术人员联系。


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